Ninguém nunca vai estar preparado para ficar doente ou ter que ficar hospitalizado durante alguns dias, devido algum problema de saúde. Então sempre vai ter as leis para te proteger, caso algo de inesperado aconteça e o seu chefe não lhe compreenda. No caso, pode ficar tranquilo, pois tudo deverá ocorrer dentro dos conformes. E para isso basta, com que entregue o seu atestado para ele. Isso comprovará que terá de ficar, de licença por tantos dias e que não irá trabalhar.
Mas caso tenha marcado as suas férias para um período próximo a esse, o melhor que tem a fazer e conversar com o gestor do RH e tentar remarcar as suas férias um pouco para frente, pois caso as sua licença hospitalar termine faltando dois dias, para chegar a sua férias, não terá direito de prorroga-las, a não ser que o dono do estabelecimento deixe.
Então para que não aconteça nenhum contra-tempo ou até mesmo uma discussão desnecessária, converse com quem precisa. Caso não encontre uma saída aceite o que lhe pediram, até um certo tempo. Afinal de contas, vão ser apenas mais alguns dias e não um ano inteiro. Enfim é melhor se precaver, do que perder o emprego é o direito de descanso.
Mas caso isso venha acontecer, procure um advogado da área trabalhista, conte a sua história e tente primeiro uma conciliação com a organização. E caso não funcione, procure abrir um processo, para que tudo possa se resolver. tente sempre, ir pelo lado mais calmo, tranquilo e amigo, pois caso tenha algum deslize perante a empresa, ela pode sair bem dessa situação. Mas se não houver nada de errado, continue com o processo e veja o que ela vai ter a te oferecer. E perante a isso tome a sua decisão com cautela e procure um novo emprego.