Uma série de fatores físicos e psicológicos estão entre os principais causadores do atraso menstrual, dentre os mesmos os mais comuns são: endometriose, alterações hormônais, síndrome dos ovários policísticos, má alimentação e dietas restritivas, prática excessiva de atividades físicas, mioma, estresse, situações emocionais e situações psicológicas de forte intensidade.
O atraso menstrual muitas vezes pode estar relacionado a concepção, sendo que essa hipotese é válida caso a mulher tenha tido ou mantido relações íntimas com o seu parceiro sem ter feito o uso de algum tipo de método contraceptivo, tal como o preservativo que é um método contraceptivo de barreira.
Por estar comumente relacionado à uma grande série de fatores, a causa do atraso menstrual deve ser diagnosticada por um médico ginecologista, ou por um profissional da área da saúde. No entanto é importante que a mulher busque pela orientação do mesmo e siga de maneira correta o tratamento, caso o médico o indique.